عنوان تحقیق: بررسي روابط ژنتيکي ارقام و پايه‌هاي سيب با استفاده از نشانگر مولکولي SSR

فرمت فایل: word

تعداد صفحات: 70

شرح مختصر:

ثبت و شناسایی ارقام و پایه های گیاهی و تعیین رابطه ژنتیکی بین آنها مستلزم دسترسی به روشهای دقیق و قابل تکراری که از شرایط محیطی متأثر نباشد، می باشد. روشهای سنتی تعیین هویت بر اساس مشاهده ظاهری درخت و میوه است. با توجه به اینکه بسیاری از خصوصیات ظاهری تحت تأثیر عوامل محیطی قرار می گیرند، این روش قابل اعتماد نیست.

با استفاده از نشانگرها در سطح ملکول DNA می توان اطلاعات دقیقی از ژنوم گیاهان بدست آورد.از جمله نشانگرهای معتبر در بررسی ژنوم سیب، نشانگر SSR است که بدلیل تکرارپذیری بالا، ایجاد الگوی باندی نسبتاً ساده و توارث همبارز در بررسی تنوع ژنتیکی و شناسه دار کردن ارقام و پایه های سیب کارایی بالایی دارد.
در بررسی حاضر از 5 جفت نشانگر پلی مورفیک SSR بر روی 24 رقم و پایه سیب بمنظور تهیه شناسنامه ژنتیکی برای بعضی از ارقام و پایه ها و همچنین تعیین رابطه ژنتیکی بین آنها استفاده شد. نمونه های برگی از کلکسیون سیب جمع آوری و DNA آنها استخراج شدند و سپس با استفاده از نشانگرهای اختصاصی SSR مورد تکثیر قرار گرفتند. پس از الکتروفورز عمودی در دستگاه توالی یاب DNA در ژل پلی آکریل آمید و رنگ آمیزی نیترات نقره در مجموع 52 آلل پلی مورفیک در 5 لوکوس ریزماهوار ( میانگین 4/10 در هر لوکوس) شناسایی شدند. تجزیه کلاستر بطور جداگانه برای ارقام و پایه ها بر اساس حضور و عدم حضور باند با استفاده از برنامه NTSYS و ضریب تشابه Dice مبتنی بر UPGMA انجام گرفت. دندوگرام حاصل از ارقام نشان داد که ارقام مورد بررسی تنوع زیادی داشتند و در 6 کلاستر جای گرفتند و سیبهای گلاب مورد بررسی توسط این 5 جفت نشانگر از هم تفکیک شدند. در دندوگرام پایه ها شباهت دو پایه MM111و MM106 مشاهده گردید.

با استفاده از 3 آغازگر (CH01H01,02B1,CH02B10) باندهای اختصاصی در ارقام (24 رقم) مشاهده شد. همچنین اگوی نواربندی اختصاصی برای بعضی از ارقام در هر آغازگر بدست آمد. در نهایت این 5 آغازگر توانستند آللهای اختصاصی مربوط به پایه ها را تعیین کنند.

فهرست مطالب

چکيده:
مقدمه
فصل اول
بررسي منابع و کليات
1-1- تاريخچه و گسترش سيب در جهان
2-1- درخت سيب و خواص بتانيكي آن

3-1- فرآورده‌هاي سيب
4-1- خواص دارويي سیب
5-1- ارزش غذايي سيب
6-1- پايه‌هاي سيب
1-6-1-پايه‌هاي بذري

2-6-1- پايه‌هاي رویشی(غیر بذری)
1-2-6-1-پايه‌هاي مالينگ
2-2-6-1- پایه های مالینگ مرتون
3-2-6-1-پایه های بوداگوسکی
7-1- زيست شناسي مولكولي
1-7-1- نشانگر
2-7-1- هدف از كاربرد نشانگر
3-7-1- انواع نشانگرهاي ژنتيكي
1-3-7-1- نشانگرهاي ريخت‌شناسي (مورفولوژيكي)
2-3-7-1- نشانگرهاي سيتوژنتيكي
3-3-7-1- نشانگرهاي ملکولی در سطح پروتئین
4-3-7-1- نشانگرهاي مولكولي در سطح DNA
5-3-7-1- انواع نشانگرهاي DNA
الف) نشانگرهاي DNA غير مبتني بر PCR
– تفاوت طول قطعات حاصل از هضم (RFLP)
– تعداد متفاوت رديف‌هاي تكراري و ماهوارك‌ها (VNTR & Minisatellites)
– پويش ژنومي نشانه‌هاي هضم (RLGS)
ب) نشانگرهاي DNA مبتني بر PCR
4-7-1- رديف‌هاي تكراري
1-4-7-1- ماهواره‌ها
2-4-7-1- ماهوارك‌ها
3-4-7-1- ريز ماهواره‌ها (ميكروستلايت‌ها يا SSR)
5-7-1- چگونگي ايجاد ميكروستلايت‌ها
6-7-1- خصوصيات نشانگرهاي SSR
7-7-1- كاربردهاي نشانگرهاي SSR
8-7-1- مزاياي ریز ماهواره ها
9-7-1- معايب ريز ماهواره‌ها
10-7-1- اساس چند شكلي در جايگاههاي ريزماهواره
1-10-7-1- مدل کراسینگ اور نا متقارن (UCO)
2-10-7-1- مدل سر خوردن پلیمراز هنگام همانند سازی(SSM)
8-1- واكنش زنجيره اي پليمراز
1-8-1- اجزای واکنش PCR
1-1-8-1- آنزیم
2-1-8-1-مخلوط ذروكسي نوكلئوتيد تري فسفات ( dNTPs )
3-1-8-1- DNA الگو
4-1-8-1- آغازگرها
5-1-8-1- بافرها و كلريد منیزيوم
2-8-1- عوامل مؤثر براختصاصي بودن واكنش PCR
1-2-8-1- غلظت مخلوط PCR
2-2-8-1- دما
3-2-8-1- تعداد و طول سيكل
4-2-8-1- افزاينده هاي PCR
3-8-1- (TD-PCR) Touch Down PCR
4-8-1- PCR آشيانه اي
9-1- الكتروفورز ژل آگارز
10-1- الكترفورز ژل پلی آكريل آميد
11-1- مروری بر تحقیقات انجام شده توسط نشانگر SSR
منابع و مآخذ